পাকুন্দিয়া উপজেলা গড়ে উঠেছে নদী অববাহিকায় যদিও এখন সবনদী খরস্রোতা নয়। দক্ষিণে রয়েছে ব্রহ্মপূত্রের শাখা নদী যা আদালা করেছে কাপাসিয়া থানা থেকে পাকুন্দিয়া থেকে । পশ্চিমে রয়েছে ব্রহ্মপুত্র নদী যা গফরগাও উপজেলা থেকে আলাদাকরেছে পাকু্দিয়া কে। ঐ নদী গুলো খুবই গুরুত্বপূর্ণ ছিল কিছু দিন কাল আগেও বর্তমানে স্থল যোগাযোগ উন্নত হয়ায় নদীর গুরুত্ব কমেছে। মঠখোলা বাজার মির্জাপুর বাজার ছিল পাকুন্দিয়ার প্রধান ব্যবসার স্থান নদী পথ সক্রিয় থাকার সময়।
পরিকল্পনা ও বাস্তবায়নে: মন্ত্রিপরিষদ বিভাগ, এটুআই, বিসিসি, ডিওআইসিটি ও বেসিস